Médica.
Existen dinoflagelados (pirrofitas) altamente tóxicos que al crecer a altas densidades generan la llamada marea roja provocando mortandad de peces e intoxicación a quienes consumen moluscos. Hay muchas especies de protozoarios que provocan enfermedades: Giardia lamblia (giardiasis), Entamoeba hystolitica (disentería amibiana), Tripanosoma cruzi (enfermedad de Chagas), Trichomonas vaginalis (tricomoniasis), Plasmodium vivax (paludismo o malaria), Toxoplasma gondii (toxoplasmosis), entre otras.
Ecológica.
Algunos dinoflagelados son endosimbiontes de corales denominándose zooxantelas que son responsables de la productividad primaria que permite la existencia de los arrecifes de corales. En los suelos, muchos protozoarios actúan en la descomposición de organismos, desintegrando la materia orgánica en sustancias que pueden utilizarse por otros seres vivos.
Industrial.
A los fósiles de foraminíferos (sarcodarios) se les llama fósiles índice. Analizando las especies presentes en muestras extraídas del subsuelo se puede estimar a qué profundidad del depósito se ha perforado.
