Es el segundo reino compuesto de procariontes, tienen pared celular no celulósica (es un peptidoglicano) y no poseen organelos membranosos ni formas multicelulares.
Se clasifican en dos phyla: Cyanobacteria o Cyanophyta (autótrofas) y Schizophyta o Eubacteria (heterótrofas).
Las cianobacterias o cianofitas (algas azul-verdes) de hábitat acuático. La mayor parte forman largos filamentos multicelulares que secretan una capa externa viscosa y gelatinosa que cubre cada célula. Ninguna posee flagelos. Su tamaño oscila entre 1 y hasta varios micrómetros.
Contienen clorofila además de otros pigmentos como xantofila, caroteno y ficocianina, esta última les proporciona el color azul. Los pigmentos no están contenidos en cloroplastos como en las células eucarióticas sino que forman parte de un sistema de membranas localizadas hacia el borde de la célula
Las cianobacterias se reproducen por fisión binaria o por fragmentación. Entre los géneros más representativos de estas algas están: Oscillatoria, Anabaena, Nostoc, Spirulina y Lyngbya.
Las eubacterias son organismos unicelulares aparentemente simples. No poseen núcleo verdadero sino un cromosoma circular. El citoplasma tiene un aspecto granular fino debido a la presencia de una gran cantidad de ribosomas y algunas bacterias tienen ADN menores extracromosómicos autónomos llamados plásmidos. La membrana celular es una bicapa lipídica como la de eucariontes rodeada por una pared celular de péptidoglicano. Algunas bacterias infecciosas tienen una capa viscosa que rodea a la pared celular llamada cápsula, que la protege del ataque de los linfocitos del sistema inmune del hospedero, y, además, les sirve para deslizarse.
Existen cientos de especies de bacterias, pero todas ellas tienen una de las tres formas existentes: cocos, bacilos y espirilos.
La mayoría de las bacterias se reproducen asexualmente por fisión binaria.
Una forma de reproducción sexual es la conjugación en la que se transfieren plásmidos a través de un pelo sexual (pilli), hueco, especial y largo resultando en nuevas combinaciones genéticas.